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División Ciencias Microbiológicas

DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA Y GENÓMICA MICROBIANAS

ECOLOGÍA MICROBIANA

 

 

Perfil

 

Las bacterias son los organismos más diversos y versátiles del planeta, y controlan mayormente las tasas de los ciclos de los elementos en el ambiente. Poseen fisiologías, estrategias de comunicación y mecanismos de evolución extraordinariamente diversos y sofisticados.

 

Los ecólogos se han interesado en los microorganismos por mucho tiempo, pero carecían de las herramientas apropiadas para observarlos con detalle. Esto ahora ha cambiado gracias al advenimiento de técnicas moleculares.

 

El objetivo principal del Grupo de Ecología Microbiana es comprender los mecanismos que gobiernan las interacciones entre microorganismos y con el ambiente. En este sentido se estudian tanto ecosistemas naturales como sistemas con aplicaciones biotecnológicas. Desde el punto de vista de la Ecología Microbiana nos interesa conocer qué microorganismos están presentes, cual es la estructura de la comunidad microbiana y cuál es el rol de los microorganismos en el ecosistema. Desde el punto de vista de la aplicación nos interesa conocer la microbiología para optimizar procesos tales como biocontrol de patógenos, bioremediación, descontaminación de aguas residuales, producción de biocombustibles como hidrógeno y metano y de electricidad en celdas microbianas. Los ecosistemas que estudiamos incluyen: microorganismos del suelo, de la rizósfera de plantas, de sistemas de tratamiento de aguas residuales y de diferentes ecosistemas de la Antártida.

 

La complejidad del tema exige que confluyan diferentes aproximaciones metodológicas para su estudio las que comprenden disciplinas tales como la química analítica, bioquímica, biología molecular, microbiología, fisiología y ecología.

 

Profile

 

Bacteria are the most diverse and versatile organisms on Earth, and they largely control the rates at which elements cycle in the environment. They possess extraordinarily diverse and sophisticated physiologies, communication strategies, and evolution mechanisms.

 

Ecologists have been interested in microbes for a long time, but lacked the proper tools to observe them in detail. That has now changed with the advent of molecular techniques.

 

Main research area of Microbial Ecology Laboratory is devoted to the understanding of the mechanisms that govern the interactions among microorganisms and with the environment. We study the microbial ecology of different natural and engineered systems. We use microbial culturing methods and molecular tools to investigate microbial community structure and function in: soil, rhizosphere, wastewater treatment systems and Antarctic environments. Our goal is to understand how microbial communities work in order to maintain a function. This knowledge is then used to improve biotechnological processes such as biocontrol of plant pathogens, decontamination of wastewaters or production of biofuels as hydrogen and methane. We use the same approach to evaluate the effect of wastewater irrigation on soil microbial community composition. In the Antarctic environments we study two key process of the N cycle -nitrogen fixation and denitrification- and the interaction of microbes with plants.

 

The complexity of this subject demands the application of different methodological approaches that include several disciplines such as analytical chemistry, biochemistry, molecular biology, microbiology, physiology and ecology.

 

Integrantes

Dra. Claudia Etchebehere

Profesor Agregado de Investigación.

cetchebehere@iibce.edu.uy ; cetchebe@gmail.com

Curriculum Vitae

Dra. Natalia Bajsa

Técnico preparador.

nbajsa@iibce.edu.uy ; nbajsa@gmail.com

Mag. Daniella Senatore

Estudiante de Doctorado en Biotecnología. Becaria ANII.

dsenatore@iibce.edu.uy ; nanisen@gmail.com

Dr. Jorge Wenzel

Investigador Asistente / Horas Docentes y de Investigación.

jwenzel@iibce.edu.uy

Mag. Patricia Bovio

Estudiante de Doctorado en Biotecnología. Becaria ANII.

pbovio@iibce.edu.uy

Mag. Laura Fuentes

Estudiante de Doctorado en Biotecnología. Becaria ANII.

lfuentes@iibce.edu.uy

Lic. Sebastián Tujá

Investigador Honorario. Estudiante de Maestría. 

sebastian.tuja@gmail.com

Lic. Daniel Lassevich

Estudiante de Maestría en Ciencias Biológicas, Beca ANII.

deancool1@hotmail.com

Ing. Silvana Fadul

Estudiante de Maestría en Biotecnología. 

silvana.fadul@gmail.com

Bach. Inés Etchelet

Estudiante de Grado.

etchelet.ines@gmail.com

Bach. Mariángeles García

Estudiante de grado.

maru.gcr@gmail.com

Bach Daniela Alves

Estudiante de grado.

daniam_08@hotmail.com

Ing. Quím. Silvana Fadul

Investigadora Honoraria. Estudiante de Maestría. 

silvana.fadul@gmail.com

Bach. Sergio Wajsol

Investigador Honorario. Estudiante de Grado. 

sergiowma@gmail.com

Dra. Angela Cabezas da Rosa

Investigador Asistente / Horas Docentes y de Investigación.

acabezas@iibce.edu.uy

 

Ex-Integrantes:

Dra. María Lis Yanes

Investigadora Honoraria.

lyanes@iibce.edu.uy

Dra. Bruna Martins

Posdoctorado contratada por Proyecto.

brunamadell@gmail.com

Mag. Cecilia Callejas

Investigadora Honoraria. Estudiante de Doctorado.

cecallejas@gmail.com

Mag. Lucía Braga

Investigadora Honoraria. Estudiante de Doctorado.

lbraga@iibce.edu.uy

Bach. Antonella Galliazi

Investigadora Honoraria. Estudiante de Grado. 

anto.galliazzi@hotmail.com

actualizado el 4-3-2018.

Líneas de investigación:

 

1- Mejoramiento del crecimiento vegetal mediante el control biológico de hongos fitopatógenos.

 

2- Evaluación la biodiversidad de los microorganismos presentes en suelos uruguayos.

 

3- Estudio de comunidades microbianas de sistemas metanogénicos escala real de tratamiento de aguas residuales.

 

4- Producción de energía: producción de hidrógeno por fermentación oscura y producción de electricidad en Celdas Microbianas.

 

5- Estudio de microorganismos de la Antártida.

 

actualizado el 4-6-2012.

Proyectos

 

“Elaboración colectiva de biopreparados para uso agropecuario en predios agroecológicos familiares, zona de influencia de la Regional Toronjil-Red de Agroecología” Mauricio Alchurrut (responsable), Natalia Bajsa, Guillermo Galván, Raúl Platero, Daniel Lassevich, Zoia Peirano. Proyecto Más Tecnologías para la Producción Familiar. Dirección General de Desarrollo Rural, MGAP, 2017-2018.

“Manejo agroecológico y pastoreo racional de ovinos en predios de productores familiares de la región metropolitana”. Rodrigo García (responsable), Natalia Bajsa, Santiago Monteverde, Gustavo Benítez, Gastón Salvo, Gustavo Cabrera, Eduardo Diz, Elena Apezteguia. Proyecto Más Tecnologías para la Producción Familiar. Dirección General de Desarrollo Rural, MGAP, 2017-2018.

“Impacto del manejo agrícola sobre los microorganismos del suelo involucrados en el ciclo del carbono”. Proyecto PAIE (Programa de Apoyo a la Investigación Estudiantil). Germán Pérez y Natalia Bajsa (responsables), Santiago Álvarez, Rodrigo Álvarez, Diego Salazar, Alejandro Puchiele, Felipe Silva. Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC), UdelaR, 2017.

“Evaluación de bacterias rizosféricas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de plantas nativas antárticas”. Natalia Bajsa (responsable), Sebastián Tuja, Agustina Queirolo, Daniella Senatore. Instituto Antártico Uruguayo (IAU) 2016-2017.

“Insumos biológicos para una agricultura sustentable”. Natalia Bajsa (responsable), Agustina Queirolo, Daniella Senatore, Gastón Carro, Germán Pérez, Nelson Diez. Proyecto por Ley de Donaciones, MEF/ AgriGro. 2016-2018.

“Núcleo Interdisciplinario Colectivo TÁ. Impactos de la intensificación de los sistemas agroalimentarios y sociedad: transgénicos y plaguicidas, de problemas a construcción de alternativas”. Claudio Martínez e Inés Gazzano (responsables), Natalia Bajsa, Mailén Arleo, Guillermo Galván, Alberto Gómez Perazzoli, Liliana Terradas, David Abraham, Mariela Garau, Santiago Mirande, Laura Rosano, Elisa Bandeira, Victoria Evia, Florencia Alfonso, Mariano Beltrán, Gastón Carro, Ma. Isabel Andreoni, Patricia Artía, Pablo Galeano, Mabel Burger, Rafael Vidal, Marcel Achkar, Adriana Cauci, Lara Taroco. Financiación, Espacio Interdisciplinario, UdelaR, 2017-2019.

“Microorganismos eficientes nativos como herramienta de inclusión: producción desde el aula”. Natalia Bajsa (responsable), Daniella Senatore, Claudia Piccini, Gastón Azziz, Gabriela Illarze, Stella Faroppa, Beatriz Bellenda, Federico Mesa, Micaela Sanguinetti. Financiado por ANII-Investigación Inclusiva.

“Microorganismos: de la escuela al barrio”. Gabriela Illarze y Natalia Bajsa (responsables), Mariana Pérez, Federico Mesa, Micaela Sanguinetti. Convocatoria Apoyo a Actividades en el Medio. Comisión Sectorial de Extensión y Actividades en el Medio. Universidad de la República, 2017.

“Red TRITÓN: Tratamiento y reciclaje de aguas industriales mediante soluciones sostenibles fundamentadas en procesos biológicos”. Claudia Etchebehre (responsable en Uruguay), Angela Cabezas, Laura Fuentes, Lucía Braga, Jorge Wenzel, Patricia Bovio. Proyecto Red Cyted, 2016-2018.

"METABASE, METHAnogenic Biodiversity and activity in Arctic and Subantarctic Ecosystems affected by climate change". Claudia Etchebehere (responsable en Uruguay), Angela Cabezas, Laura Fuentes, Lucía Braga, Jorge Wenzel, Patricia Bovio Proyecto financiado por la Unión Europea, llamado ERANet-LAC. 2016-2018.

"Diversidad de organismos no cultivables del filo Chloroflexi en reactores metanogénicos; ¿cuál es su rol en estos ecosistemas?". Investigadora responsable: Claudia Etchebehere. Financiado por ANII Fondo Clemente Estable. 2013-2015.

"Puntos claves para aumentar el rendimiento de producción de hidrógeno por fermentación de aguas residuales industriales". Investigadora responsable: Claudia Etchebehere. Participación de: MSc Elena Castelló (Facultad de Ingeniería, UdelaR), Dr. Luis Acerenza (Fac. de Ciencias, UdelaR). Financiado por ANII Fondo Sectorial de Energía. 2013-2015.

 

actualizado el 4-06-2018.

Publicaciones 2014 - 2018

 

Pavan ME, Pavan EE,  Glaeser SP, Etchebehere C, Kämpfer P, Pettinari MJ, Lopez NI. (en prensa). Proposal for a new classification of a deep branching bacterial phylogenetic lineage: transfer of Coprothermobacter proteolyticus and Coprothermobacter platensis to Coprothermobacteraceae fam. nov., within Coprothermobacterales old. nov., Coprothermobacteria classis nov. and Coprothermobacterota phyl. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. accepted for publication march 2018.

Fuentes L, Braga L, Castelló E, Etchebehere C. (en prensa). Work scheme to isolate the different microorganisms found in hydrogen producing reactors. Journal of Applied Microbiology, accepted for publication march 2018. 

Wenzel J,  Fiset E, Batlle-Vilanova P, Cabezas A, Etchebehere C, Balaguer DM, Colprim J, Puig, S. (en prensa). Microbial community pathways for the production of volatile fatty acids from CO2 and electricity. Frontiers in Energy Research, accepted for publication march 2018.

Castelló E, Braga L, Fuentes L, Etchebeher, C. (en prensa). Possible causes for the instability in the H2 production from cheese whey in a CSTR. International Journal of Hydrogen Energy, accepted for publication dec 2017.

Federici MT, Bajsa N, Lagurara P, Revale S, Marcondes J, Dalla Rizza M. 2017. Soil and rhizosphere bacterial diversity in maize agro-ecosystem. Sustainable Agriculture Research. 6, 3:35-51.

Pereira G, Côrtes Oliveira R, Kinaip Bicalho S, Etchebehere C, Calábria de Araujo J. 2017 Microbial community and sulphur behaviour in phototrophic reactors treating UASB effluent under different operational conditions. Int. Biodeterioration & Biodegradation, 119:486-498.

Azziz G, Monza J, Etchebehere C, Irizarri. P. 2017. nirS- and nirK-type denitrifier communities are differentially affected by soil type, rice cultivar and water management. European Journal of Soil Biology. 78:20-28.

Senatore D, Queirolo A, Wajswol S, Bajsa N. 2017. Monitoreo de la aplicación de vinaza como fertilizante en caña de azúcar con indicadores microbianos de suelo. Innotec. 13:92-97.

Cisneros-Pérez C, Etchebehere C, Celis LB, Carrillo-Reyes J, Alatriste-Mondragón F, Razo-Flores E. 2017. Effect of inoculum pretreatment on the microbial community structure and its performance during dark fermentation using anaerobic fluidized-bed reactors. International Journal of Hydrogen Energy. 42:9589-9599.

Pereira AD, Cabezas A, Etchebehere C, Augusto C, Chernicharo D L, Araújo JC. De CA. 2017. Microbial communities in anammox reactors : a review, Environmental Technology Reviews. 1:74-93.

Wenzel J, Fuentes L, Cabezas A, Etchebehere C. 2017. Microbial fuel cell coupled to biohydrogen reactor: A feasible technology to increase energy yield from cheese whey. Bioprocess and Biosystems Engineering. 40:807-819.

Azziz G, Monza J, Etchebehere C, Irisarri P. 2016. nirS and nirK type denitrifier communities are differentially affected by soil type, rice cultivar and water management. European Journal of Soil Biology. 78: 20-28. 

Etchebehere C, Castelló E, Wenzel J, del Pilar Anzola-Rojas M, Borzacconi L, Buitrón G, Cabrol L, Carminato VM, Carrillo-Reyes J, Cisneros-Pérez C, Fuentes L, Moreno-Andrade I, Razo-Flores E, Filippi GR, Tapia-Venegas E, Toledo-Alarcón J, Zaiat M. 2016. Microbial communities from 20 different hydrogen-producing reactors studied by 454 pyrosequencing. Appl Microbiol Biotechnol. 100:3371-3384.

Cabezas A, Calabria de Araujo J, Callejas C, Gales A, Hamelin J, Marone A, Sousa DZ, Trably E, Etchebehere C. 2015. How to use molecular biology tools for the study of the anaerobic digestion process? Reviews in Environmental Science and Bio/Technology, 14:555-593.

Cabezas A, Pommerenke B, Boon N, Friedriech MW. 2015. Geobacter, Anaeromyxobacter and Anaerolineae populations are enriched on anodes of root exudate driven microbial fuel cells in rice field soil. Environ. Microbiol. Reports, 7: 489-497.

Cisneros-Pérez C, Carrillo-Reyes J, Celis LB, Alatriste-Mondragón F, Etchebehere C, Razo-Flores E. 2015. Inoculum pretreatment promotes differences in hydrogen production performance in EGSB reactors International Journal of Hydrogen Energy. 40: 6329-6339.

Ferraz Júnior ADN, Etchebehere C, Zaiat M. 2015. Mesophilic hydrogen production in acidogenic packed-bed reactors (APBR) using raw sugarcane vinasse as substrate: Influence of support materials Anaerobe. 34:94-105.

Ferraz Júnior ADN, Etchebehere C, Zaiat M. 2015. High organic loading rate on thermophilic hydrogen production and metagenomic study at an anaerobic packed-bed reactor treating a residual liquid stream of a Brazilian biorefinery Bioresource Technology. 186: 81-88.

Gomes BC, Rosa PRF, Etchebehere C, Silva EL, Amâncio Varesche MB. 2015. Role of homo-and heterofermentative lactic acid bacteria on hydrogen-producing reactors operated with cheese whey wastewater International Journal of Hydrogen Energy. 40:8650-8660.

Costa MC, Carvalho L, Leal CD, Dias MF, Martins KE, Brugger G, Garcia I, Daldegan Mancuelo TM, Hipólito EF, Mac Conell DY, Okada C, Etchebehere C, Chernicharo CA, Araujo JC. 2014. Impact of inocula and operating conditions on the microbial community structure of two anammox reactors. Environmental Technology. 35:1811-1822.

Duarte Pereira A, Dutra Leal C, França Dias M, Etchebehere C, Chernicharo CA, Calabria de Araújo J. 2014. Effect of phenol on the nitrogen removal performance and microbial community structure and composition of an anammox reactor. Bioresource Technology. 166:103-111.

Lazaro Zampol C, Perna V, Etchebehere C, Varesche MBA. 2014. Sugarcane vinasse as substrate for fermentative hydrogen production: the effects of temperature and substrate concentration. International Journal of Hydrogen Energy. 39:6407-6418.

Okada DY, Delforno TP, Etchebehere C, Varesche MBA. 2014. Evaluation of the microbial community of upflow anaerobic sludge blanket reactors used for the removal and degradation of linear alkylbenzene sulfonate by pyrosequencing. International Biodeterioration & Biodegradation. 96: 63-70.

Ferraz D, Wenzel J, Etchebehere C, Zaiat M. 2014. Effect of organic loading rate on hydrogen production from sugarcane vinasse in thermophilic acidogenic packed bed reactors. International Journal of Hydrogen Energy. http://dx.doi.org/10.1016/j.ijhydene.2014.08.017

 

actualizado el 17-04-2018.

Orientación de estudiantes:

 

 

Pasantías de Grado:

Mariángeles García, (en curso). trabajo de final de carrera de Licenciatura en Bioquímica Facultad de Ciencias. Proyecto APIPE (SUM). Orientadoras: Angela Cabezas y Patricia Bovio.

Agustina Queirolo, (en curso).trabajo de final de carrera de Licenciatura en Biología de la Facultad de Ciencias, UDELAR. Orientadoras: Natalia Bajsa y Daniella Senatore.

Sergio Wajswol, (en curso). trabajo de final de carrera de Licenciatura en Ciencias Biológicas de Facultad de Ciencias, UDELAR.  Proyecto APIPE (SUM). Orientadoras: Natalia Bajsa y Daniella Senatore.

Daniela Alves, (en curso). trabajo de final de carrera de Biología, Facultad de Ciencias, UDELAR. Orientadoras: Claudia Etchebehere y Bruna Martins

Antonella Galliazzi. 2017. Ingeniería en Biotecnología, Universidad ORT. Orientadora: Angela Cabezas.

 

Tesis de Maestrías:

Daniel Lassevich. (en curso). Maestría en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA). Orientadores: Natalia Bajsa y Raúl Platero.

Sebastián Tuja. (en curso). Maestría en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA). Orientadoras: Claudia Etchebehere y Natalia Bajsa.

Lucía Braga. 2017. Maestría en Biotecnología, Facultad de Ciencias, UDELAR. Orientadores: Elena Castelló y Claudia Etchebehere.

Mariana Buadas. 2017. Maestría en Química (UDELAR-PEDECIBA). Orientadores: Javier Menes y Angela Cabezas.

 

Tesis de Doctorado:

Daniella Senatore. (en curso). Doctorado en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA). Orientadores: Jorge Monza y Natalia Bajsa. Beca ANII.

Patricia Bovio. (en curso).Doctorado en Biotecnología Facultad de Ciencias, UdelaR. Orientador: Angela Cabezas, Co-orientador: Claudia Etchebehere. Beca ANII.

Laura Fuentes. (en curso). Doctorado en Biotecnología Facultad de Ciencias, UdelaR. Orientador: Claudia Etchebehere. Beca ANII.

Tania Trasante. (en curso). Doctorado en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA). Orientadoras: Natalia Bajsa, Adriana Montañez y Margarita Sicardi.

Jorge Wenzel. 2017. "Optimización de la producción de energía a partir de aguas residuales industriales utilizando microorganismos". Posgrado en Química (PEDECIBA) Facultad de Química. Orientadora: Claudia Etchebehere. Co-Orientadora: Angela Cabezas.

María Lis Yanes. "Caracterización de una cepa de Pseudomonas fluorescens promotora del crecimiento vegetal". Tesis de Doctorado en Ciencias Biológicas (UDELAR-PEDECIBA). Orientadora: Alicia Arias.

 

actualizado el 4-6-2018

Docencia:

Dictado y participación en Cursos de posgrado

 

Workshop sobre métodos de monitoreo de sistemas de tratamiento de aguas residuales. Realizado en el marco de la  Red Cyted Tritón. Financiado por Cyted. Valparaíso 26 de julio de 2017.

 

Eliminación biológica de nitrógeno de las aguas residuales. Segundo curso organizado por la Red Cyted. Curso teórico dirigido a profesionales en el área, empresas, estudiantes de posgrado. Participaron docentes de la Red Cyted Tritón. Financiado por Cyted. Montevideo 19 Y 20 de julio de 2017.

 

Participación de Jorge Wenzel en el Curso de Genómica para posgrado de la Facultad de Ciencias y PEDECIBA Biología. Segundo semestre 2017. Responsable del curso: José Sotelo.

 

Participación de Claudia Etchebehere en el curso de Técnicas metagenómicas de Bioprospección, realizado entre el 19 y 29 de Julio del 2017. Responsable del curso: Francisco Noya.

actualizado el 4-6-2018.

Otros:

 

Colaboradores en otros centros de investigación:

 

Ing. Agr. Ph. D. Nora Altier (INIA-Las Brujas)

 

Dra. Lilianan Borzacconi (Facultad de Ingeniería, UdelaR)

 

Dr. Danilo Davyt (Facultad de Química, UdelaR)

 

Dr. Marcos Musso (Facultad de Ingeniería, UdelaR)

 

Dra Lyliam Loperena (Facultad de Ingeniería, UdelaR)

 

Ing. Agr. Ph. D. Carlos Pérez (Fac. Agronomía, EEMAC Paysandú)

 

Dr. Fernando Zinola (Facultad de Ciencias, UdelaR).

 

actualizado el 4-6-2016.

Galería de Fotos

 

 

actualizado el 4-6-2016

Contacto:

Claudia Etchebehere
Mail: cetchebehere@iibce.edu.uy ; cetchebe@gmail.com

Teléfono: (598) 24871616 int. 147


actualizado el 4-6-2016.