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División Ciencias Microbiológicas

DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGÍA

 

Perfil

El Departamento de Microbiología del Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE) tiene una larga trayectoria en el estudio de diversos aspectos relacionados con patogenicidad de bacterias que afectan a seres humanos y diferentes especies animales. La comprensión de los fenómenos bacterianos que posibilitan la instalación y el avance de la infección en el huésped, un paso necesario para el desarrollo posterior de alternativas terapéuticas o de prevención, constituyó por largo tiempo el principal objetivo de la investigación llevada a cabo en nuestro laboratorio.

Sin embargo, a lo largo de estos últimos años las principales líneas de investigación se han ido diversificando de acuerdo a nuevos y diferentes intereses dentro del Departamento. Esto se fundamenta en la necesidad de ofrecer una respuesta a demandas tanto académicas como de distintos actores de la sociedad y el sector productivo. En la actualidad, las líneas de investigación de nuestro Departamento transitan campos diversos, los cuales se describen en la presentación de las líneas de investigación del grupo.

Profile

The Department of Microbiology at the Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE) has a rich tradition on the study of different aspects related to bacterial pathogenicity. However, in the last years, new and diverse microbiological research lines have emerged and consolidated .

Nowadays, research in our Department covers diverse fields that are described in the particular reseach lines sections.

 

Integrantes

Dr. Pablo Zunino

Profesor Titular de Investigación.

pzunino@iibce.edu.uy ; pmzunino@gmail.com

Dra. Claudia Piccini

Profesor Agregado de Investigación..

cpiccini@iibce.edu.uy

Dra. Karina Antúnez

Profesor Adjunto de Investigación.

kantunez@iibce.edu.uy ; kantunez03@gmail.com

Dra. Paola Scavone

Profesor Adjunto de Investigación.

pscavone@iibce.edu.uy

Mag. Ana Umpiérrez

Investigador Asistente / Horas Docentes y de Investigación. Estudiante de Doctorado PEDECIBA, Becaria ANII.

aumpierrez@iibce.edu.uy

Mag. Susana Deus Alvarez

Estudiante doctorado PEDECIBA-Biología. Becaria ANII.

Lic. Ana Laura Caetano

Investigadora Honoraria. Estudiante de Maestría PEDECIBA-Biología.

Mag. Daniela Arredondo

Investigadora Ayudante Contratada por Proyecto. Estudiante de Doctorado PEDECIBA. Becaria ANII.

darredondo@iibce.edu.uy

Bach. Martín Oliver

Investigador contratado por Proyecto. Estudiante de grado Licenciatura en Bioquímica.

moliver@iibce.edu.uy

Mag. Belén Branchiccela

Investigador Asistente / Horas Docentes y de Investigación. Estudiante de Doctorado PEDECIBA.

bbranchiccela@iibce.edu.uy

Lic. Sofía Fernández

Investigador Ayudante / Horas Docentes y de Investigación. Estudiante de Maestría PEDECIBA. Becaria ANII.

sfernandez@iibce.edu.uy

Lic. Loreley Castelli

Contratada por Proyecto. Estudiante de Maestría PEDECIBA. Becaria ANII.

lcastelli@iibce.edu.uy

Lic. Martina Soumastre

Estudiante de Maestría PEDECIBA. Becaria ANII.

msoumastre@iibce.edu.uy

Lic. Paula Vico

Investigadora Honoraria. Estudiante de Maestría PEDECIBA.

pvico@iibce.edu.uy

Lic. Gabriela Martínez de la Escalera

Investigador Ayudante / Horas Docentes y de Investigación. Contratada por Proyecto. Estudiante de Maestría PEDECIBA. Becaria ANII.

gdlemartinez@iibce.edu.uy

Lic. Sofía Acquistapace

Contratada por Proyecto.

sacquistapace@iibce.edu.uy

Lic. Victoria Iribarnegaray

Contratada por Proyecto. Estudiante de Maestría PEDECIBA.

viribarnegaray@iibce.edu.uy

actualizado el 19-10-2015.

Proyectos

 

“Estudio de la distribución de genotipos tóxicos de Microcystis spp. y la expresión de genes de toxinas a través del Río Uruguay”. Entidad financiadora: Comisión Administradora del Río Uruguay. Investigadora responsable: Gabriela Martínez de la Escalera. (2014-2015).

“Estudio de la calidad microbiológica del agua subsuperficial a través de herramientas moleculares: identificación de bacterias indicadoras de contaminación fecal y E. coli potencialmente patógena”. Entidad financiadora: CSIC Iniciación. Investigadora responsable: Martina Soumastre. 2014-2015.

“Bases moleculares en la formación de biofilms de Proteus mirabilis uropatogénico”. Entidad financiadora: Fondo Clemente Estable. ANII. Investigador responsable: Pablo Zunino. 2013-2015.

“Identificación y caracterización de Escherichia coli asociada a la Diarrea Neonatal de Terneros en Uruguay”. Entidad financiadora: ANII. Fondo Clemente Estable. Investigadora responsable: A. Umpiérrez. 2013-2014.

“Caracterización de patógenos bacterianos que afectan a terneros en sistemas semi-intensivos e intensivos en Uruguay: bases para la inmunoprofilaxis”. Entidad financiadora: Laboratorios Santa Elena (SE). Investigador responsable: P. Zunino. 2012-2014.

“Bioindicadores y valores guía para el monitoreo de cianobacterias tóxicas en ambientes acuáticos continentales del país”. Fondo Clemente Estable-ANII. Responsable: Dra. Sylvia Bonilla, participación C. Piccini. 2013- 2015.

“Desarrollo de una herramienta para la detección y cuantificación rápida de cianobacterias tóxicas en sistemas acuáticos basada en PCR en tiempo real”. Programa de Medio Ambiente, ANII-LATU. Investigadora responsable: C. Piccini. Actualmente se ejecuta en conjunto con el proyecto “Monitoreo de calidad de agua y herramientas para la predicción y manejo de floraciones basadas en grupos morfo-funcionales de fitoplancton”. Responsable: Dra. Carla Kruk, bajo el nombre “Herramientas para el monitoreo de floraciones de cianobacterias nocivas”. 2012–2015.

“Efecto de acaricidas de uso común en apicultura sobre la interacción parasitaria entre Nosema ceranae y Apis mellifera a nivel fisiológico, inmune y sus posibles consecuencias a nivel productivo”. Convocatoria 2012. MEC - DICYT “Cooperación bilateral con Argentina”. Responsable en Uruguay: K. Antúnez. Responsable en Argentina: Dr. Martin Eguaras. 2013-2015.

“Desarrollo de un probiótico para mejorar la salud de las abejas melíferas”. Financiado por ANII- Fondo María Viñas. Investigadora responsable: K. Antúnez. 2013-2015.

“Epidemiología de Nosema ceranae y su rol potencial en la despoblación de colmenas en Uruguay”. Financiado por ANII- Fondo Clemente Estable. Investigador responsable: B. Branchiccela. 2013-2014.

 

actualizado el 15-09-2014.

Publicaciones 2014 - 2018

 

Anido M, Branchiccela B, Castelli L, Harriet J, Campá J, Zunino, P, Antúnez K. (en prensa). Prevalence and distribution of honey bee pathogens in Uruguay. Journal of Apicultural Research.

Umpiérrez A, Acquistapace S, Oliver M, Acuña P, Reolón E, Zunino P. (en prensa). Prevalence of Escherichia coli adhesion-related genes in Neonatal Calf Diarrhoea in Uruguay. The Journal of Infection in Developing Countries.

Soumastre M, Rodríguez-Gallego L, Piccini C. (en prensa). Enterobacterial growth in coastal groundwater wells of Cabo Polonio (Uruguay): an experimental approach. Aceptado en Panamerican Journal of Aquatic Sciences.

Beamud SG, Vico P, Haakonsson A, Martínez de la Escalera GM, Piccini C, Brena B, Pirez M, Bonilla S. 2016. Influence of UV-B radiation on the fitness and toxin expression of the cyanobacterium Cylindrospermopsis raciborskii. Hydrobiologia. 763:161-172.

Fraga M, Fernández S, Cajarville C, Martínez M, Abin-Carriquiry JA, Zunino P. 2015. In vitro modulation of rumen microbiota and fermentation by native microorganisms isolated from the rumen of a fed-exclusively-on-pasture bovine. Annals of Microbiology. 65:2355–2362.

Sosa V, Umpiérrez A, Acquistapace S, Zunino P. 2015. Virulence genes in Moraxella spp. isolates from infectious bovine keratoconjunctivitis cases. The Journal of Infection in Developing Countries.9: 1028-1032.

Scavone P, Villar S, Umpiérrez A, Zunino P. 2015. Role of Proteus mirabilis MR/P fimbriae and flagella in adhesion, cytotoxicity and genotoxicity induction in T24 and Vero cells. Pathog Dis. 73:4.

Piccini C, Fabre A, Lacerot G, Bonilla S. 2015. Combining immunolabeling and catalyzed reporter deposition to detect intracellular saxitoxin in a cyanobacterium. Journal of microbiological methods. 117: 18-21.

Antúnez K, Anido M, Branchiccela B, Harriet J, Campa J, Invernizzi C, Santos E, Higes M, Martín-Hernández R, Zunino P. 2015. Seasonal variation of honey bee pathogens and its association with pollen diversity in Uruguay. Microbial Ecology. 70: 522-533.

Arbulo N, Antúnez K, Salvarrey S, Santos E, Branchiccela B, Martín-Hernández R, Higes M, Invernizzi C. 2015. High prevalence and infection levels of Nosema ceranae in bumblebees Bombus atratus and Bombus bellicosus from Uruguay. J Invertebr Pathol. 130:165-168.

Brambillasca S, Zunino P, Cajarville C. 2015. Addition of inulin, alfalfa and citrus pulp in diets for piglets: Influence on nutritional and faecal parameters, intestinal organs, and colonic fermentation and bacterial populations. Livestock Science. 178: 243-250.

Piccini C, García-Alonso J. 2015. Bacterial diversity patterns of the intertidal biofilm in urban beaches of Río de la Plata. Marine Pollution Bulletin. 28: 476-482. DOI: 10.1016/j.marpolbul.2014.08.039.

Fraga M, Perelmuter K, Valencia MJ, Martínez M, Abin-Carriquiry JA, Cajarville C, Zunino P. 2014. Evaluation of native potential probiotic bacteria using an in vitro ruminal fermentation system. Ann Microbiol. 64:1149-1156.

Delucchi L, Fraga M, Perelmuter K, Zunino P. 2014. Effect of native Lactobacillus murinus LbP2 administration on total faecal IgA in healthy dogs. Canadian Journal of Veterinary Research. 78: 153-155.

Martínez de la Escalera G, Antoniades D, Bonilla S, Piccini C. 2014. Application of ancient DNA to the reconstruction of past microbial assemblages and for the detection of toxic cyanobacteria in subtropical freshwater ecosystems. Molecular Ecology. 23: 5791-5802.

Robino L, Scavone P, Araujo L, Algorta G, Zunino P, Pírez MC, Vignoli R. 2014. Intracellular Bacteria in the Pathogenesis of Escherichia coli Urinary Tract Infection in Children. Clin Infect Dis. 59:158-164.

Scavone P, Umpiérrez A, Rial A, Chabalgoity JA, Zunino P. (2014). Native flagellin does not protect mice against an experimental Proteus mirabilis ascending urinary tract infection and neutralizes the protective effect of MrpA fimbrial protein. Antonie van Leeuwenhoek. DOI 10.1007/s10482-014-0175-7.

Yim L, Sasías S, Martínez A, Betancor L, Estevez V, Scavone P, Bielli A, Sirok A, Chabalgoity JA. 2014. Repression of flagella is a common trait in field isolates of Salmonella enterica serovar Dublin and is associated with invasive human infections. Infection and Immunity. 82: 1465-1476. DOI: 10.1128/IAI.01336-13.

Martínez de la Escalera G, Antoniades D, Bonilla S, Piccini C. 2014. Application of ancient DNA to the reconstruction of past microbial assemblages and for the detection of toxic cyanobacteria in subtropical freshwater ecosystems. Molecular Ecology. 23: 5791-5802. DOI: 10.1111/mec.12979.

Branchiccela B, Aguirre C, Parra G, Estay P, Zunino P, Antúnez K. 2014. Genetic changes in Apis mellifera after forty years of Africanization. Apidologie. 45:752-756.

Martínez de la Escalera G, Antoniades D, Bonilla S, Piccini C. 2014. Application of ancient DNA to the reconstruction of past microbial assemblages and for the detection of toxic cyanobacteria in subtropical freshwater ecosystems. Molecular Ecology. 23:5791–5802

Mendoza Y, Santos E, Antúnez, K, Invernizzi C. 2014. Selección bidireccional de Apis mellifera (Hymenoptera: Apidae) para aumento de la resistencia y la susceptibilidad a la nosemosis. Revista de la Sociedad Entomológica Argentina. 73:65-69.

Rodríguez M, Vargas M, Antúnez K, Gerding M, Ovidio Castro F, Zapata N. 2014. Prevalence and phylogenetic analysis of honey bee viruses in the Biobio Region, Chile, and their association with other honey bee pathogens. Chilean Journal of Agricultural Research. 74:170-177.

Basualdo M, Barragán S, Antúnez K. 2014. Bee bread increases honeybee haemolymph protein and promote better survival despite of causing higher Nosema ceranae abundance in honeybees. Environmental Microbiology Reports. 6:396-400.

Blanchard P, Guillot S, Antùnez K, Köglberger H, Kryger P, de Miranda JR, Franco S, Chauzat MP, Thiéry R, Ribière M. 2014. Development and validation of a real-time two-step RT-qPCR TaqMan(®) assay for quantitation of Sacbrood virus (SBV) and its application to a field survey of symptomatic honey bee colonies. J Virol Methods. 197:7-13.

Mendoza Y, Antúnez K, Branchiccela B, Anido M, Santos E, Invernizzi C. 2014. Nosema ceranae and RNA viruses in European and Africanized honeybee colonies (Apis mellifera) in Uruguay. Apidologie. 145:224-234.

Pérez G, Farías L, Fernandez C, Conde D, Piccini C. 2014. Incidence of phytoplankton and environmental conditions on the bacterial ammonium uptake in a subtropical coastal lagoon. J Limnol. 73:106-114.

actualizado el 16-3-2016.

Orientación de estudiantes:

Pasantías de Grado:

Martín Oliver. (en curso). Estudiante de la Licenciatura en Bioquímica. Facultad de Ciencias, Universidad de la República. Evaluación de la presencia de genes de virulencia de Escherichia coli asociada DNT en Uruguay. Orientador: Pablo Zunino. Co-Orientadora: Ana Umpiérrez.

Florencia Silva. (en curso). Estudiante de la Licenciatura en Bioquímica. Facultad de Ciencias, Universidad de la República. Orientadora: Karina Antúnez. Co-Orientadora: Daniela Arredondo.

Alejandro Tuja, (en curso). Trabajo final de grado de Licenciatura en Bioquímica, UdelaR, 2014, Beca APIPE Identificación de genes involucrados en la formación de biofilms de Proteus mirabilis.

Luis Vázquez. (en curso). "Bacterias ruminales nativas y su efecto en la fibrólisis en un modelo in vitro". Orientador: Pablo Zunino.

Sofía Acquistapace. 2014. "Proteínas de membrana externa de Moraxella bovis y Moraxella bovoculi como componentes de vacunas contra la queratoconjuntivitis bovina". Orientador: Pablo Zunino.

Victoria Iribarnegaray. 2014. " Evaluación de mutantes defectivas en la formación de biofilms de Proteus mirabilis". Orientadora: P. Scavone. Co-orientador: P. Zunino.

Tesis de Maestrías

Alejandro Perretta. (en curso). Estudiante de Maestría en Salud Animal, Programa de Posgrados de Facultad de Veterinaria. 2013- en curso. Orientador: Pablo Zunino. Co-orientadora: Karina Antúnez.

Sofía Acquistapace. (en curso). Estudiante de Maestría en Biotecnología, Universidad de la República. Fimbrias nativas y PME-CD recombinante de Moraxella bovis y Moraxella bovoculi como antígenos para vacunas contra Queratoconjuntivitis infecciosa bovina. Orientador: Pablo Zunino. Co-tutor: José Sotelo-Sylvera.

Victoria Iribarnegaray. (en curso). “Evaluación de mutantes defectivas en la formación de biofilms de Proteus mirabilis”. Orientador: P. Zunino. Co-orientadora: P. Scavone.

Loreley Castelli. (en curso). Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: P. Zunino. Co-orientadora: K. Antúnez.

Ariel Aldrovandi. (en curso). Proyecto: "Uso de prebióticos para la modulación de la flora bacteriana ruminal y la prevención de acidosis en bovinos". Postgrados Veterinaria. Orientador: P. Zunino.

Natalia Rigamonti. (en curso).  "Estudio de la expresión de toxinas en Cylindrospermopsis raciborskii cultivada en distintas condiciones de disponibilidad de nutrientes". Maestría PEDECIBA-BIOLOGIA. Orientadora: C. Piccini.

Daniela Arredondo. 2015. Desarrollo de un probiótico para mejorar la salud de las abejas melíferas. Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: P. Zunino. Co-orientadora: K. Antúnez.

Sofía Fernández. (en curso). Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: P. Zunino.

Martina Soumastre. (en curso). Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: C. Piccini.

Gabriela Martínez de la Escalera. (en curso). Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: C. Piccini.

Paula Vico. (en curso). Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientador: C. Piccini.

Belén Branchiccela. 2014. Una aproximación a la epidemiología de Nosema ceranae y su rol potencial en la despoblación de colonias de abejas Apis mellifera. Maestría PEDECIBA-BIOLOGÍA. Orientadora: K. Antúnez. Co-orientador P. Zunino.

Tesis de Doctorado

Susana Deus. Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas, Orientación Microbiología. PEDECIBA Biología, Universidad de la República. Becaria ANII. Orientadora: Claudia Piccini.

Gabriela Martínez de la Escalera. Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas, Orientación Microbiología. PEDECIBA Biología, Universidad de la República. Orientadora: Claudia Piccini.

Daniela Arredondo, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas, Orientación Microbiología. PEDECIBA Biología, Universidad de la República. Orientadora: Karina Antúnez.

Sofía Fernández, Estudiante de Doctorado en Ciencias Biológicas, Orientación Microbiología. PEDECIBA Biologúa, Universidad de la República. Orientador: Pablo Zunino.

Rosario de los Santos, Estudiante de Doctorado en Salud Animal, Posgrados de la Facultad de Veterinaria, Universidad de la República. Orientador: Pablo Zunino.

Belén Branchiccela. (en curso). “Rol de la nutrición de la abeja Apis mellifera en la infección con los virus de mayor importancia apícola”. Opción Microbiología. PEDECIBA-Biología. Orientadora: K. Antúnez, Co-orientadores: P. Zunino y Dr. C. Invernizzi.

Ana Umpierrez. (en curso). "Identificación y caracterización de Escherichia coli asociada a la Diarrea Neonatal de Terneros en Uruguay". Doctorado en Ciencias Biológicas, Opción Microbiología. PEDECIBA-Biología. Orientador: P. Zunino.

Martín Fraga. 2015. “Efectos de la modulación de la microbiota sobre la fermentación ruminal”. Doctorado en Ciencias Biológicas. Opción Microbiología. PEDECIBA. Orientador: P. Zunino Co-orientadora: Dra. Cecilia Cajarville.

actualizado el 17-3-2016.

Docencia:

CURSOS ORGANIZADOS

 

III Escuela Regional de Microbiología (CABBIO, UNU-BIOLAC, PEDECIBA) Lugar: IIBCE. Organizadores: Karina Antúnez, Martín Fraga, Claudia Piccini, Paola Scavone, Pablo Zunino, y otros. 23 de setiembre - 4 de octubre de 2013.

Curso “Aproximaciones clásicas y moleculares para el estudio de patógenos de importancia veterinaria”, de la Maestría en Ciencias Veterinarias de la Facultad de Veterinaria, UDELAR. 2012. Lugar: IIBCE. Coordinador: Pablo Zunino.

Organización y coordinación del curso Internacional "Microbial World Through different eyes" Abril de 2013. Responsables C. Piccini, P. Scavone.

Organización y coordinación del curso de posgrado de PEDECIBA Biología "Respuesta de ecosistemas acuáticos a impactos antropogénicos" Lugar IIBCE. 2011 y 2013. Coordinadora Claudia Piccini.

II Escuela Regional de Microbiología (PEDECIBA, AMSUD, ANII) Lugar: IIBCE. Coordinadores: Pablo Zunino, Claudia Piccini y otros. 12-24 de setiembre de 2011.

Curso “Identificación y caracterización de bacterias de interés veterinario”, Programa de Posgrados, Facultad de Veterinaria. 12 de mayo al 15 de julio de 2010. Lugar: IIBCE. Coordinador: Pablo Zunino.

Curso “Identificación y caracterización de bacterias de interés veterinario”, Programa de Posgrados, Facultad de Veterinaria. 12 de mayo al 15 de julio de 2009. Lugar: IIBCE. Coordinador: Pablo Zunino.

I Escuela Regional de Microbiología (PEDECIBA, AMSUD, ANII) Lugar: IIBCE. Coordinadores: Pablo Zunino, Claudia Piccini y otros. 5 al 17 de octubre de 2009.

actualizado el 1-11-2013.

Otros:

Colaboración con Investigadores en el exterior

Dra. Jessica Martínez, de la Universidad del Desarrollo, Santiago, Chile. 17 al 27 de setiembre de 2007.

Lic. Liesel Gende, de la Universidad Nacional de Mar del Plata, Mar del Plata, Argentina. 1 al 30 de octubre de 2005.

Dra. Cecilia Carpinella, de la Universidad Católica de Córdoba, Córdoba, Argentina. 29 de enero al 16 de febrero de 2008.

MSc. Paola Gómez, Instituto Max Planck, Bremen, Alemania. 3 de marzo- 8 de abril de 2008.

Artículos de divulgación:

2008. Avances en la investigación sobre virus de las abejas. En “Jornada de manejo sanitario en Apicultura”. Antúnez, K. & P. Zunino. Serie de Actividades de difusión Nº 539. INIA- La Estanzuela.

2007. Estrategias para el control de la Loque Americana, enfermedad de la cría de las abejas melíferas. Antúnez, K., J. Harriet & P. Zunino. En “Jornada de manejo sanitario en Apicultura”. Serie de Actividades de difusión Nº 500. INIA- La Estanzuela.

2007. Estrategias para el control de la Loque Americana, enfermedad de la cría de las abejas melíferas Antúnez, K., J. Harriet & P. Zunino. Folleto para distribución gratuita entre apicultores.

2007. Estrategias para el control de la Loque Americana, enfermedad de la cría de las abejas melíferas. Antúnez, K., J. Harriet & P. Zunino. Noticiero. Revista de la CNFR. Junio, 2007. 33-34; Setiembre, 2006. 24-25; Abril, 2007. 29.

2007. Diversidad de Moraxella spp. y queratoconjuntivitis infecciosa bovina en Uruguay. Sosa V. & P. Zunino. Lechuza Roja (Laboratorios Santa Elena).

 

actualizado el 4-6-2014.

Galería de Fotos

 

 

actualizado el 4-6-2014

Contacto:

Pablo Zunino
Mail: pzunino@iibce.edu.uy ; pmzunino@gmail.com

Teléfono: (598) 24871616 int. 140.

actualizado el 4-6-2014.