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PLATAFORMA DE SECUENCIACIÓN MASIVA

IIBCE (MEC)

 

Perfil

La plataforma de secuenciación masiva tiene como objetivo proporcionar metodologías de lectura masiva de ácidos nucleicos de alta tecnología a investigadores en áreas básicas o aplicadas, instituciones o empresas del ámbito público o privado, que requieran apoyo y asesoramiento técnico en el área genómica para el desarrollo y realización de diversas aplicaciones de secuenciación disponibles por la plataforma. Esta plataforma cuenta con equipamiento de última generación y recursos humanos disponibles para el desarrollo de estudios de ácidos nucleicos desde una aproximación genómica.

Responsable:

Dr. José Roberto Sotelo Silveira
Profesor Titular de Investigación.
Departamento de Genómica
Mail: sotelojos@gmail.com

Teléfono: (598) 24871616 int. 112.

Técnico:

Lic. Rafael Fort
Técnico de plataforma de secuenciación
Departamento de Genómica
Mail: rafaelfortbq@gmail.com

¿Qué es la secuenciación masiva?

La secuenciación masiva o secuenciación de próxima generación (del inglés: Next Generation Sequencing, NGS), es uno de los abordajes de alto rendimiento para la secuenciación de ADN. Esta tecnología se basa en el concepto del procesamiento masivo en paralelo de micro-reaactores de secuenciación. A diferencia de los sistemas de secuenciación tradicionales, estas plataformas son capaces de generar paralelamente, y de forma masiva, lectura de millones de fragmentos de ADN. Esta tecnología de secuenciación permite el desarrollo de diferentes aplicaciones como secuenciación de exoma, genoma completo, pequeños ARNs (ej: microARNs), metilación, ChIP-Seq, Transcriptómica (RNA-Seq), etc.

La plataforma de secuenciación del IIBCE cuenta con un secuenciador de última generación, el Personal Genome Analyzer (PGM ™)  desarrollado por Ion Torrent Systems Inc. (ahora parte de Thermo Inc.). El Sistema PGM combina la tecnología de secuenciación de semiconductores con la bioquímica natural permitiendo traducir directamente la información química en datos digitales, eliminando la necesidad de costosas ópticas y químicas complejas para medir la extensión del ADN.

Servicios:

Secuenciación de ácidos nucleicos
Ion torrent pgm:

Genoma bacterianos y virales

Genoma mitocondrial

Fósmidos

Plásmidos

Paneles de genes (ej: panel de genes de cáncer)

Productos de PCR

Metagenómica basada en 16S

Transcriptomas de baja complejidad

ARNs enriquecidos o Inmunoprecipitados

ADNs enriquecidos o immunoprecipitados

Pequeños ARNs no codificantes (microARNs)

Low-pass sequencing para determinar número de copias cromosómicas

Metodologías de secuenciación y amplificación de ARN a partir de pequeñas cantidades de partida (1 a 100 células)

Asesoramiento en diseño experimental y preparación de estrategias de secuenciación masiva para diversos proyectos (asociados a Ion Torrent u otras plataformas).


Por otras aplicaciones ver
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-applications.html

Análisis de la integridad de Ácidos nucleicos
agilent 2100 bioanalyzer:

Kit DNA 1000

Kit DNA High Sensitivity

Kit RNA Nano

Kit RNA Small

Equipamiento:

Torrent Suite™ Software and server.

Ion PGM™ System

Ion PGM™ System

Agilent 2100 Bioanalyzer system

Ion OneTouch™ 2 System

Pippin Prep system SAGE SCIENCE